１日午前の奄美空港。東京や大阪便などが通常通り運航したこともあり、利用客の姿が見られた
高波が押し寄せる奄美市住用町の和瀬漁港。海上は大荒れとなっている（１日午前11時前）
台風６号の影響は欠航が続いている海の便だけでなく、空の便にも及んでいる。１日は群島間の路線は欠航となったが、東京（羽田・成田）や大阪（伊丹・関西）間などは運航したものの、午後からは鹿児島間も一部で欠航した。２日は空の便も全便欠航、奄美大島内を運行する路線バスも全線運休となる。
１日の奄美空港。出発ロビーや到着ロビーは、離島間は欠航が表示されたものの、東京や大阪、福岡（出発便は欠航）、鹿児島（午後のうち夕方以降は欠航）間は運航したこともあり、利用客の姿が見られた。２日は全便欠航となることから、奄美空港ターミナルビルも閉館、空港内への立ち入りはできない。
奄美大島内の路線バスを運行する㈱しまバスは、１日は古仁屋線の最終便（往復）のみ運休。２日は全線終日運休となる。３日は始発から通常通り運行予定で、前日午後に判断（確定）する。最新の運行状況は同社の公式ウェブサイトshimabus.co.jp、ＬＩＮＥ、インスタグラムで随時更新するという。問い合わせは電話０５７０・００４０８４まで。
空の便の欠航は奄美を訪れる観光客の利用で多いレンタカーに影響した。空港周辺にある会社によると、５月30～31日にかけて１日と２日の予約のキャンセルがあり、60～70件寄せられたという。「利用者は台風情報に敏感で早めに対応する。１日は東京や大阪便は運航したが、奄美が暴風域に入る台風であり判断（予約のキャンセル）したのだろう。６月はそれほど多くの利用はなく、７月以降が書き入れ時。１日１００件以上の利用がある。台風の影響がないことを願いたい」と語った。
台風６号の接近は学校教育にも影響を与えた。奄美群島内の小中学校（義務教育学校を含む）では１日、臨時休校、給食まで済ませて下校（自宅待機）が多く見られた。
児童生徒が登校しない臨時休校の措置がとられたのが与論町と和泊町の学校。同じ沖永良部島内の知名町は教育委員会によると、午前中は通常通りの授業が行われ、給食まで済ませての下校となった。
南２島以外は、各教育委員会によると通常通りの学校もあったものの、給食まで済ませて下校がほとんど。龍郷町は小中によって対応が分かれ、小学校（小中併設校を含む）は給食まで済ませ下校、中学校は午後も授業があり通常通りとなったが、部活動は見送った。
学校数が最も多い奄美市は、教育委員会によると給食まで済ませ下校が３分の２、残りは通常通りだが、月曜日は６時間目の授業がない早帰りが組まれているという。
２日については「当日の天候状況で学校長が判断」としているが、暴風域に入っているため臨時休校となりそう。奄美市は教育委員会、校長協会、給食センターで協議して決定する。
小中学校以外で高校は、県教委高校教育課によると群島内にある県立の８校は全て臨時休校となった。２日については当日の状況から判断される。また、大島特別支援学校は、１日は通常通りだったが、２日は臨時休校となる。